Trong giai đoạn 2019 - 2025, ngành Y tế sẽ triển khai nền hành chính y tế điện tử, hoàn thiện các ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý, điều hành điện tử, hạn chế việc sử dụng giấy tờ tại cơ quan Bộ Y tế, Sở Y tế và các đơn vị trong ngành. Ứng dụng phát triển giao dịch điện tử, xác thực điện tử, văn phòng điện tử ở các cơ quan, đơn vị. Hoàn thành cổng dịch vụ công trực tuyến và hệ thống thông tin một cửa điện tử về thủ tục hành chính trong năm 2020. Tăng cường xây dựng, triển khai các dịch vụ công trực tuyến của Bộ Y tế kết nối hệ thống một cửa quốc gia, một cửa ASEAN, bảo đảm 50% số dịch vụ công trực tuyến của Bộ Y tế có số lượng hồ sơ lớn đạt mức 3 mức 4 vào năm 2020, 100% vào năm 2025.
Triển khai thống kê y tế điện tử thu thập số liệu hoạt động của ngành y tế trên cả nước. Xây dựng phần mềm thống kê y tế triển khai trên toàn quốc. Thực hiện trao đổi, liên thông dữ liệu giữa phần mềm Thống kê y tế và các phần mềm khác (quản lý y tế xã phường, hồ sơ sức khỏe điện tử, bệnh án điện tử). Triển khai thống kê y tế điện tử trên toàn quốc, phấn đấu đến năm 2020 công tác thống kê y tế tổng hợp cơ bản được thực hiện trên môi trường mạng. Hình thành cơ sở dữ liệu thống kê y tế, cung cấp số liệu phục vụ cho công tác quản lý, hoạch định chính sách của ngành y tế.
Hoàn thành cơ sở dữ liệu y tế quốc gia, ứng dụng các công nghệ thông minh để phân tích số liệu về hoạt động y tế kịp thời, chính xác, giúp dự báo về diễn biến tình trạng sức khỏe, bệnh tật trong cộng đồng, từ đó có các chính sách y tế phù hợp.
Xây dựng và phát triển hệ thống thông tin quản lý nguồn nhân lực y tế. Xây dựng và phát triển hệ thống thông tin quản lý cung ứng thuốc, kiểm nghiệm thuốc và tiêu chuẩn kỹ thuật ngành dược. Xây dựng và phát triển hệ thống thông tin quản lý trang thiết bị y tế. Xây dựng và phát triển hệ thống thông tin quản lý các cơ sở y tế, triển khai trên hệ thống bản đồ số, hỗ trợ người dân tìm kiếm các cơ sở y tế phù hợp được thuận lợi, dễ dàng. Ứng dụng phân tích dữ liệu lớn và ứng dụng trí tuệ nhân tạo nâng cao năng lực mã hóa lâm sàng.