Cách đánh giá chất lượng các tạp chí của Thomson Reuters (danh sách ISI) và của SCOPUS đều dựa vào chỉ số ảnh hưởng IF (Impact factor). Chỉ số này được đánh giá hàng năm dựa trên số liệu thống kê đánh giá (Indexed) theo Báo cáo trích dẫn tạp chí của Thomson Reuters (Thomson Reuters Journal Citation Reports).
IF một năm của một tạp chí được tính bằng tỷ lệ giữa tổng số lần trích dẫn, tham khảo trong các bài báo từ các tạp chí khoa học ISI của năm đó trên tổng các bài báo mà tạp chí này đã công bố trong 2 năm liền kề trước đó.
Ví dụ, với một tạp chí rất có uy tín trong lĩnh vực Vật lý là Science, chỉ số IF của năm 2007 được công bố vào năm 2008 là 26,73 và được tính như sau: trong 2 năm 2005 và 2006 tạp chí Science công bố 1816 bài báo khoa học. Năm 2007 có 47892 bài báo khác trên tất cả các tạp chí khoa học ISI tham khảo hay trích dẫn đến 1816 bài báo trên. Từ đây tính ra chỉ số ảnh hưởng của tạp chí Science trong năm 2007 là 47892/1816 = 26,73.
Như vậy, chỉ số IF (tương ứng với chất lượng tạp chí) luôn thay đổi theo từng năm. Giá trị IF giữa các tạp chí có thể chênh nhau hàng vạn lần (cao nhất đạt quãng 90-100, thấp nhất quãng 0,005, tùy theo năm). Giữa các ngành khoa học khác nhau thì giá trị IF cũng khác nhau.
Thông thường, các môn khoa học y sinh có chỉ số IF cao hơn so với các ngành khác, các tạp chí chuyên ngành toán học, vật lý và các tạp chí ISI của các nước trong khu vực thường còn có chỉ số IF thấp hơn.
