Trong sách, Vĩnh Thông sắp xếp các bài viết theo 4 mục là: Địa danh và Nhân vật, Tín ngưỡng - Tôn giáo, Đời sống và sinh hoạt và Tản mạn dọc đường. Ba mục đầu gồm các bài nghiên cứu, trong đó có những tác phẩm được tác giả chỉnh sửa so với bản công bố lần đầu. Bên cạnh những bài nghiên cứu là một số bài báo dưới hình thức dân tộc ký được tác giả tập hợp vào mục Tản mạn dọc đường ở phần cuối sách.
"Dấu ấn thượng châu thổ" tập hợp các bài nghiên cứu với nhiều đề tài khác nhau, song đa phần đều liên quan đến tiểu vùng thượng châu thổ Cửu Long - khu vực biên giới Tây Nam. Đó là nơi mà cả văn hóa dân gian lẫn các tôn giáo đều chứa đựng rất nhiều "huyền bí".
Vốn được sinh ra và lớn lên ở An Giang, được đón nhận nhiều thông tin hấp dẫn từ đời sống văn hóa của cư dân nơi đây, tất cả đã trở thành "chất nền" khiến Vĩnh Thông say mê khám phá về vùng đất này.
Theo chia sẻ của Vĩnh Thông, anh đam mê và tìm tòi lĩnh vực văn hóa khá sớm. "Từ những năm học phổ thông, tôi đã đọc một số sách nghiên cứu. Khi đó, tôi có viết một vài bài, nhưng chỉ nghĩ là mình thích thú thì trải nghiệm, như một cách để rèn luyện ngòi bút. Không ngờ các bài viết ấy được các tạp chí đăng tải, điều đó phần nào đã khích lệ tôi", anh kể. Đây cũng chính là lý do Vĩnh Thông đã chọn học ngành Văn hóa học của Trường Đại học Khoa học xã hội và Nhân văn - Đại học Quốc gia TP. HCM.
Các bài nghiên cứu trong "Dấu ấn thượng châu thổ" được Vĩnh Thông công bố rải rác trên các báo, sớm nhất là năm 2012 và gần nhất là năm 2020. Thông qua cuốn sách này, anh mong muốn đóng góp thêm những thông tin bổ ích cho bạn đọc khi tiếp cận văn hóa Nam Bộ, giúp họ phần nào hiểu và yêu thêm những giá trị văn hóa mà cư dân vùng đất này đã kiến tạo suốt 3 thế kỷ.
Theo học ngành Văn hóa học nên những thông tin được Vĩnh Thông đề cập trong sách không dừng lại ở việc giới thiệu, mà còn được diễn giải qua lăng kính khoa học. Qua đối chiếu và kiểm chứng, xử lý bằng những phương pháp nghiên cứu chuyên ngành…, các thông tin được đưa ra có độ tin cậy cao.
Tuy nhiên, điều quan trọng nhất mà Vĩnh Thông muốn gửi gắm trong cuốn sách mới nhất của mình, đó là lời cảnh báo về những di sản của tiền nhân đang bị lãng quên, hoặc có nguy cơ mai một.
"Trong tác phẩm của mình, tôi đã chia sẻ nhiều trường hợp như thế. Tôi hy vọng rằng những thông tin đó sẽ góp phần giúp người đọc hiểu biết thêm và quan tâm hơn đến giá trị các thế hệ đi trước đã để lại", Vĩnh Thông chia sẻ.